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¿Cuando se usa el pretérito del indicativo y cuando el del subjuntivo?, Siempre encuentro explicaciones basadas en ejemplos aplicados pero no en reglas o circunstancias claramente definidas. Ej:
Me algro que hayas venido o me alegro que has venido.
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El uso del subjuntivo es un tema complejo. Lo más frecuente es encontrar infinidad de reglas difíciles de memorizar y complicadas de aplicar además de no ser exhaustivas. Por eso aquí empezaremos comentando el significado básico del indicativo y del subjuntivo y luego recomendaremos algunas fuentes de información complementarias.

*Usamos el indicativo para afirmar o dar por cierto algo. El hablante da información.

*Si usamos el subjuntivo no afirmamos algo o lo damos por cierto sino que lo hacemos depender de la actitud o punto de vista con que lo enfoca el que habla. El hablante no se compromete con la veracidad de lo que dice.

Hazlo como dice el director.
“Dice el director” es una información: el director ha dicho cómo hay que hacerlo.
Hazlo como diga el director.
“Diga el director” no es un hecho, no una información, no existe esa instrucción del director.

Yo no sabía que el culpable era un elefante.
Que el culpable era un elefante: información que yo no sabía. No lo sabía pero lo doy por cierto.
El culpable era un elefante pero yo no lo sabía.
Yo no sabía que el culpable fuera un elefante.
Que el culpable fuera un elefante: no lo sabía pero no me pronuncio sobre si fue o no un elefante, me quedo al margen de esa afirmación.

Aunque te duele, tienes que caminar.
Doy por hecho que te duele pero tienes que caminar de todos modos.
Aunque te duela, tienes que caminar.
Según tú te duele pero tienes que caminar de todos modos.

Una vez visto el significado general que aporta el uso del indicativo o del subjuntivo, conviene concretar algo más para ver los usos prácticos más frecuentes. Como sería muy largo (y quedaría incompleto) reseñar aquí los distintos usos del subjuntivo, le remito a varias páginas web donde podrá informarse:

http://www.123teachme.com/learn_spanish/sp_el_presente_de_subjuntivo_usos_d
http://www.elsubjuntivo.com/usos.html
http://users.jyu.fi/~malo/ESPANJA-JATKOKURSSI/subjuntivo_formas_y_usos_nvo.pdf

De todos modos si tiene alguna duda concreta, no dude en preguntar sobre ella.
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Me alegro que hayas venido
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