He visto muy diversas formas de usar los prefijos, por ello muchas veces dudo de su uso correcto. Veamos el siguiente caso:
De acuerdo al diccionario de la RAE

semi-.

(Del lat. semi-).

1. elem. compos. Significa 'medio' o 'casi'. Semidifunto, semitransparente, semiconsonante.

¿Qué hay entonces de juntar semi con industrial?
a)semiindustrial
b)semi-industrial
c)semi industrial
d)semindustrial
Yo diría la a). Por normal general, el prefijo debe estar junto con la palabra con la que va. Y yo no eliminaría una "i", puesto que es análoga la formación de la palabra "portaaviones", en la que el DRAE no reconoce la eliminación de una "a".
El Diccionario Panhispánico de Dudas, por su parte, dice:
1.3. Existe un uso del guion que puede denominarse estilístico, ya que se emplea con fines puramente expresivos:
a) Para separar el prefijo de su base, cuando se desea hacer hincapié en el valor semántico del precomponente: «Las danzas de los areítos eran [...] miméticas, como lo son [...] las rituales, que constituyen una presentación mágica, pre-presentación o re-presentación» (Ortiz Música [Cuba 1975]

Es decir, que si se quiere recalcar ese significado de "semi", la RAE permitiría el uso del guión.
Stricto sensu los prefijos van juntos a la palabra base.
Solo se escribirán con guion cuando la palabra a la que se anexa está escrita con inicial mayúscula o es una sigla: anti-Bush, anti-FARC.
Saludos
Pongo acá lo que la RAE me ha respondido sobre la consulta del uso de los prefijos

No existe un criterio académico fijo en el caso de las palabras compuestas o prefijadas en las que se ponen en contacto dos vocales idénticas: la vocal con la que termina el prefijo o elemento compositivo y la vocal con la que empieza el término al que se une. La aceptación de la doble vocal o la asimilación en una sola vocal en cada caso depende esencialmente del uso (por lo general, cuanto más asentado está el uso, más son las posibilidades de que la doble vocal se funda en una sola). Las preferencias académicas en cada uno de los casos quedan reflejadas en el Diccionario, como puede comprobar en nuestra página de inicio.

En la mayoría de las palabras se suelen mantener las dos vocales iguales en contacto (cooficial, coopositor, contraataque, microondas, microorganismo, preescolar, contraatacar, contraaviso, preeminencia) aunque también existen casos donde se ha reducido la doble vocal (sobrestimar, decimoctavo). En muchos casos conviven las dos variantes (remplazar y reemplazar, rencontrar y reencontrar), normalmente con preferencia por la forma que no presenta reducción.

Lo cual sólo me deja averiguar cuál es el uso más común, o si coexisten las dos formas: semiindustrial o semindustrial... je, je... porque ninguna de las dos está en el diccionario RAE, y ahora ¿dónde lo averiguo!... en tal caso habría que usar la que a uno le venga en gana... creo.