I would say it depends on what Spanish you are learning. :)
- ¿Cómo se encuentra usted? - In Spain it would sound a bit weird if you are asking it to a friend unless you are "joking" with that friend. Anyway, if you are a nurse, for example, you can ask it to the patient so, it would be more like "¿Cómo se encuentra hoy?".
Yep, you are right, ¿Cómo se encuentra usted? and ¿Cómo está usted? have no diference at all.
Here we ask, ¿Cómo te encuentras?, ¿Cómo estás?, ¿Qué tal? and so on.
Hope it helps!